大会は、春季および秋季の年２回開催しています。春季大会は例年６月上旬の開催で、総会と公開講演・研究報告など、２日間の日程です。第何回大会とし東京を中心に東日本で開催しています。秋季大会は例年１１月の開催で、研究報告を中心に１日の日程です。こちらは京都・大阪を中心に西日本で開催しています。

大会を東西に分けて年２回開催しているのは、会員も多く全国の会員が一同に会しやすい場所であるとの理由からです。当初は、秋は日本史研究会の大会、春は歴史学研究会の大会の前日に開催していました。現在は、秋は日本史研究会の大会前日が多いですが、春は独自の日程で大会を設定しています。

大会の内容は、会員の研究報告が中心ですが、場合により明治維新史に関係の深い史料見学や史跡見学なども行なっています。

また、大会終了後（２日間の場合は初日）には懇親会を開催し、会員相互の交流を図っています。